El análisis cuantitativo de imágenes está adquiriendo gran importancia en neurociencia. Desde el análisis de imágenes de actividad cerebral mediante PET o fRNM, hasta el análisis de imágenes del tráfico intracelular mediante el uso, cada vez más amplio, de proteínas fluorescentes genéticamente codificadas. Sin embargo, son pocos los paquetes de software comerciales que proporcionan las herramientas necesarias al investigador para analizar con precisión la gran cantidad de datos que las secuencias de imágenes proporcionan.En muchas ocasiones no es difícil constatar la frustración del investigador al emplear mucho tiempo en el análisis, o la incapacidad para poner en números lo que en muchas ocasiones es fácilmente vislumbrable por la simple inspección visual de las secuencias. Hemos desarrollado software propio basado en las subrutinas de análisis y tratamiento de imagénes en Igor Pro (Wavemetrics Inc, Lake Oswego, Oregon, EE.UU.) para analizar la cinética de la exocitosis y la endocitosis en sinapsis de neuronas de hipocampo en cultivo. La señal fluorescente indicativa de la exocitosis y la endocitosis se ha obtenido al sobre expresar las neuronas la proteína fluorescente verde (GFP) unidas a proteínas de vesículas sinápticas (sinaptofisina y sinaptobrevina). El software permite de forma automática identificar botones sinápticos y extraer información cuantitativa de la cinética de la exocitosis y la endocitosis, así como de la localización espacial y carácterísticas morfológicas de los botones sinápticos. Así mismo, el software permite el seguimiento de partículas y estimar las distancias recorridas y velocidades de tráfico intracelular.